Subject: Re: fichiers pour adegenet
From: Didier Bouchel
Date: Tue, 02 Sep 2008 20:31:58 +0200
To: Thibaut Jombart

Bonjour Thibaut

Merci beaucoup pour cette prompte réponse !
A toutes fins utiles je vous envoie en fichiers joints un extrait de ma base de données sous deux formes : texte (15305adegenetextrait.txt) et structure (project_data.stru) qui en est issu. J'ai vérifié sur cet extrait que structure fonctionne normalement, et que la lecture avec read.structure avec adegenet n'est pas possible : voir copie de la console R (erreur_stru.txt).

J'ai repris l'importation avec le format genetix en ajoutant les xy à partir d'un fichier txt, et read.table, ce qui semble avoir donné le résultat escompté :

> obj1 <- read.genetix(file='2pop15305.gtx', missing=NA )
Converting data from GENETIX to a genind object...
...done.
> xycoord <- read.table(file("15305txy.txt"),header=TRUE)
> obj1$other$xy <- xycoord
> D <- dist(obj1$tab)

, mais  chooseCN me renvoie un message d'erreur :

> gab <- chooseCN(obj1$other$xy, ask = FALSE, type = 2)
Erreur dans gabrielneigh(xy) :
 NA/NaN/Inf dans un appel à une fonction externe (argument 5)
De plus : Warning messages:
1: In gabrielneigh(xy) : NAs introduits lors de la conversion automatique
2: In gabrielneigh(xy) : NAs introduits lors de la conversion automatique

et l'objet gab n'existe pas, je suis donc bloqué dans l'analyse.
*** remarques :
obj1$other$xy est de la forme :

           x                y
300  -15.9667        14.65
301  -16.3679       13.198
302  -13.1167      13.2167
303  -12.8167      14.3833
304  -14.9333      14.2833
305     -16.3        16.15

j'ai contrôlé que NA/NaN/Inf ne se rapporte pas aux coordonnées :

> any(is.finite(obj1$other$xy$x))
[1] TRUE
> sum(is.finite(obj1$other$xy$x))
[1] 305
> any(is.finite(obj1$other$xy$y))
[1] TRUE
> sum(is.finite(obj1$other$xy$y))
[1] 305

(il y a bien 305 génotypes et donc 305 coordonnées xy)

- si je remplace missing=NA par missing=0 ou missing="mean" comme argument dans read.genetix, le message d'erreur reste le même.

Les messages du forum sont-ils accessibles par une adresse URL ? Cela me permettrait peut-être d'appréhender déjà certains aspects plus facilement et plus rapidement.
Je suis supposé rendre mon manuscrit mi octobre, je n'ai plus beaucoup de temps pour me lancer dans de nouveaux traitements de données !!!...

A bientôt, encore merci

Didier

Thibaut Jombart a écrit :

Bonjour Didier,
Bonjour

Je suis actuellement en thèse à l'AgroParisTech, en génétique animale. Je voudrais réaliser des ACPs telles que décrites dans vos articles et dans le manuel de adegenet avec des données moléculaires qui présentent des gradients géographiques réguliers apparemment sans frontière détectable avec d'autres méthodes. Toutefois je me heurte à un problème dès que je souhaite prendre en compte les données spatiales et je souhaiterais avoir quelques précisions sur la façon de procéder. En effet, pour une ACP classique je fais l'importation des données à partir d'un fichier genetix ce qui se fait correctement, mais avec ce format de fichier on ne peut pas insérer les coordonnées spatiales.
Je pense que la meilleure solution est de lire les données génétiques depuis le format GENETIX, puis d'ajouter les coordonnées spatiales à l'objet créé.
Par exemple, en reprenant la doc de read.genetix:
## lecture d'un fichier de données
> obj <- read.genetix(system.file("files/nancycats.gtx",package="adegenet"))

Converting data from GENETIX to a genind object...

...done.

>      obj

  #####################
  ### Genind object ###
  #####################
- genotypes of individuals -

S4 class:  genind
@call: read.genetix(file = system.file("files/nancycats.gtx", package = "adegenet"))

@tab:  237 x 108 matrix of genotypes

@ind.names: vector of  237 individual names
@loc.names: vector of  9 locus names
@loc.nall: number of alleles per locus
@loc.fac: locus factor for the  108 columns of @tab
@all.names: list of  9 components yielding allele names for each locus
@ploidy:  2

Optionnal contents:
@pop:  factor giving the population of each individual
@pop.names:  factor giving the population of each individual

*@other: - empty -
*## l'objet 'obj' ne contient pas de données spatiales

On peut ajouter tout type d'info dans le slot @other, qui est une liste. Par exemple:
> obj@other$toto = "toto"
> obj

  #####################
  ### Genind object ###
  #####################
- genotypes of individuals -

S4 class:  genind
@call: read.genetix(file = system.file("files/nancycats.gtx", package = "adegenet"))

@tab:  237 x 108 matrix of genotypes

@ind.names: vector of  237 individual names
@loc.names: vector of  9 locus names
@loc.nall: number of alleles per locus
@loc.fac: locus factor for the  108 columns of @tab
@all.names: list of  9 components yielding allele names for each locus
@ploidy:  2

Optionnal contents:
@pop:  factor giving the population of each individual
@pop.names:  factor giving the population of each individual

*@other: a list containing: toto *

On peut faire de même pour ajouter des coords spatiales. Dans l'absolue, on peut leur donner n'importe quel nom, mais certaines méthodes (e.g. la sPCA) cherchent les coords spatiales dans le @other$xy. La seule difficulté, c'est que les coordonnées doivent être dans le même ordre que les génotypes, qui est donné par obj@ind.names.

Ici, je simule des coordonnées spatiales dans une loi uniforme et je les attribue à l'objet 'obj':
> xycoord <- matrix(runif(237*2),ncol=2)
> obj$other$xy <- xycoord
> obj

  #####################
  ### Genind object ###
  #####################
- genotypes of individuals -

S4 class:  genind
@call: read.genetix(file = system.file("files/nancycats.gtx", package = "adegenet"))

@tab:  237 x 108 matrix of genotypes

@ind.names: vector of  237 individual names
@loc.names: vector of  9 locus names
@loc.nall: number of alleles per locus
@loc.fac: locus factor for the  108 columns of @tab
@all.names: list of  9 components yielding allele names for each locus
@ploidy:  2

Optionnal contents:
@pop:  factor giving the population of each individual
@pop.names:  factor giving the population of each individual

@other: a list containing: toto  *xy *

Par la suite, on peut faire une ACP, et des représentations des scores dans l'espace, et tout ce qu'on veut. Par exemple:
> X=scaleGen(obj,method="binom",missing='mean') # X est une matrice de données alléliques centrée et normée pour la variance théorique des allèles

Replaced 617 missing values

> library(ade4)
> pcaX = dudi.pca(X,cent=FALSE,scale=FALSE,scannf=FALSE) # analyse en composantes principales sur X (ne pas recentrer et renormer, donc "cent=FALSE,scale=FALSE")
> s.value(obj$other$xy,pcaX$li[,1],include.ori=FALSE,addaxes=FALSE) # représentation de la première composante principale dans l'espace.

J'ai essayé avec le format structure (fichier project_data auquel j'ai dû ajouter l'extension .stru pour que adegenet puisse le lire), en mettant les coordonnées x et y en colonnes optionnelles. J'ai obtenu un message d'erreur à la suite de la procédure d'importation. Pour vérification, j'ai repris la procédure avec le même fichier sans coordonnées x y, mais j'ai obtenu le même message que vous pourrez lire dans la pièce jointe .txt qui est un "copier coller" de R.
Les fichiers d'origine ont été utilisés sans problème avec Genetix et Structure.
D'accord. Il est possible qu'il y ait un bug dans read.structure. Si c'est le cas, il me faut un échantillon de données pour reproduire le bug et le corriger.
Je précise que je ne suis pas familier avec R, loin s'en faut !
Alors bienvenu ! Mais quoiqu'il arrive, ça ne sera pas un investissement à perte.
Pouvez-vous m'indiquer comment importer un fichier avec les coordonnées x y ? Est-il possible d'importer des fichiers en format txt ?

Merci

Meilleures salutations

Didier Bouchel

Si vous avez d'autres questions, n'hésitez pas à les poser sur le forum adegenet (en anglais):
adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org


A bientôt,

Thibaut.




35221 2 233 233 284 286 180 180 278 278 153 176 101 103 120 120 154 164 99 101 -9 -9 147 151 154 160 150 141 164 172 109 117 35222 2 220 233 272 286 180 180 278 270 163 151 101 101 133 122 154 164 99 101 136 139 147 154 152 158 148 141 172 172 109 119 35223 2 231 233 284 272 180 182 278 278 163 163 101 101 120 120 164 169 101 101 136 136 149 151 152 158 148 141 172 172 109 119 35224 2 241 243 287 276 180 180 275 278 153 168 101 103 120 133 154 166 101 105 136 139 154 156 150 152 144 141 167 167 119 119 35225 2 243 245 282 288 180 180 278 278 168 176 99 101 120 133 164 164 99 99 146 146 151 151 154 158 150 141 172 172 109 117 35226 2 233 241 291 276 180 180 278 280 153 166 101 103 133 137 166 166 99 101 136 136 151 154 150 158 141 141 164 167 119 119 35227 2 220 243 -9 -9 180 180 280 268 159 176 99 101 120 133 154 164 -9 -9 136 139 156 156 150 154 141 141 164 164 109 109 35228 2 231 233 276 282 180 180 278 280 153 165 101 101 120 133 154 166 101 103 136 139 151 151 154 158 141 141 172 172 109 109 35230 2 235 237 291 291 180 180 278 280 153 151 103 103 120 120 156 164 107 107 139 139 151 154 160 160 141 141 172 172 109 117 35231 2 233 245 287 292 180 180 280 282 161 170 101 101 120 124 164 169 99 101 136 136 142 151 160 160 141 141 166 167 109 119 35232 2 241 237 -9 -9 180 180 275 278 153 151 -9 -9 135 126 164 169 99 99 136 141 154 154 152 160 154 141 167 172 119 119 35233 2 243 243 284 297 182 176 278 280 151 151 101 103 120 133 164 164 99 107 135 146 154 154 160 166 144 148 166 167 109 119 35571 2 233 235 292 282 180 180 -9 -9 -9 -9 101 101 120 131 166 166 99 105 136 136 149 154 152 162 144 141 -9 -9 -9 -9 35572 2 241 241 297 282 180 180 -9 -9 -9 -9 101 101 122 118 166 166 99 101 136 144 142 151 154 156 141 141 -9 -9 -9 -9 35573 2 241 243 284 291 180 180 -9 -9 -9 -9 101 103 120 120 -9 -9 101 107 146 146 142 154 154 160 144 141 -9 -9 -9 -9 35574 2 233 243 284 276 180 180 278 278 -9 -9 101 103 131 133 -9 -9 99 99 136 136 147 154 154 160 144 141 167 167 -9 -9 35575 2 220 235 276 286 180 176 -9 -9 -9 -9 101 101 133 118 -9 -9 99 99 136 139 144 144 160 160 141 141 167 172 -9 -9 35576 2 233 235 290 276 180 180 278 270 -9 -9 101 101 120 133 171 171 99 99 136 136 151 154 150 160 141 141 167 167 -9 -9 35583 2 220 235 272 276 180 180 272 278 166 166 101 101 120 124 166 166 107 103 136 136 142 151 152 156 154 141 -9 -9 -9 -9 35584 2 235 241 276 282 180 182 278 266 163 151 99 101 131 133 166 166 96 103 136 139 151 154 152 154 141 141 -9 -9 109 109 35585 2 245 245 278 297 180 176 278 280 166 166 101 101 120 120 166 166 99 107 136 139 142 151 154 154 148 141 164 172 109 119 35586 2 233 245 297 282 180 180 278 278 166 176 101 103 120 120 156 156 99 99 136 136 144 151 160 160 141 141 167 167 109 119 35587 2 233 235 276 282 180 180 280 268 166 170 101 101 120 133 154 169 99 99 136 136 151 154 160 160 141 141 172 172 119 119 35588 2 220 220 276 282 180 180 280 280 153 176 101 101 120 133 154 164 -9 -9 136 139 142 151 158 160 148 141 172 172 109 117 35589 2 233 235 297 297 180 180 280 280 166 166 101 103 120 131 166 166 99 107 136 136 142 154 154 158 141 141 172 172 119 119 35590 2 241 245 284 288 180 176 278 280 159 168 101 103 131 131 166 166 99 101 139 139 149 151 152 158 139 141 167 167 109 109 35591 2 233 235 297 282 180 176 278 278 153 166 101 101 120 133 154 166 99 99 139 146 147 156 160 160 141 141 -9 -9 119 117 35592 2 -9 -9 276 282 180 176 280 280 166 166 101 101 -9 -9 166 166 99 99 136 136 151 154 156 160 -9 -9 -9 -9 -9 -9 35593 2 220 241 287 276 180 180 278 280 153 165 103 103 120 120 166 166 99 107 136 146 149 151 150 158 141 141 -9 -9 -9 -9 35596 2 235 245 -9 -9 -9 -9 278 280 -9 -9 101 101 120 122 164 164 -9 -9 136 139 144 154 150 158 148 148 -9 -9 109 119 35597 2 243 245 -9 -9 -9 -9 278 268 -9 -9 101 101 120 128 166 166 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 141 141 167 167 119 119 35599 2 241 243 -9 -9 -9 -9 278 278 161 163 101 101 120 133 164 166 -9 -9 136 150 149 149 150 160 144 141 172 172 117 117 35600 2 241 243 -9 -9 -9 -9 278 282 159 165 101 101 120 120 166 166 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 144 139 -9 -9 119 119 35601 2 235 241 -9 -9 -9 -9 278 278 163 151 101 103 120 131 156 166 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 141 141 167 172 119 119 35602 2 -9 -9 -9 -9 -9 -9 273 278 159 176 101 101 -9 -9 154 156 -9 -9 136 139 144 154 152 152 -9 -9 -9 -9 119 119 35605 1 235 243 278 286 180 180 280 280 151 176 101 103 120 133 156 166 99 99 136 136 -9 -9 158 160 148 141 -9 -9 -9 -9 35606 1 233 233 291 297 180 180 278 280 153 176 101 101 120 133 154 154 99 99 136 146 151 151 158 160 141 141 172 172 119 117 35607 1 233 241 297 286 180 176 278 280 161 176 101 103 120 120 154 154 99 105 139 139 151 154 158 158 144 141 164 164 109 117 35608 1 243 245 286 286 180 180 278 280 182 176 101 101 120 131 154 166 99 99 139 146 151 154 158 160 144 148 166 167 109 109 35609 1 233 245 291 282 180 180 278 278 166 176 101 101 120 133 154 164 101 107 136 139 154 154 158 160 144 141 172 172 109 117 35610 1 233 243 287 297 180 180 278 280 153 166 103 103 133 139 154 154 99 107 136 136 147 151 160 160 141 141 164 172 109 119 35611 1 233 243 278 302 180 180 278 280 153 176 101 103 131 133 154 154 99 99 136 146 151 154 158 160 148 141 172 172 119 119 35612 1 233 235 291 272 180 180 278 280 163 166 101 103 120 120 154 154 99 99 136 136 151 154 158 160 141 141 172 172 109 121 35613 2 235 243 297 289 176 176 278 278 163 165 101 101 120 133 166 166 96 105 136 146 144 151 154 160 144 141 167 167 109 117 35614 2 233 245 284 282 180 180 275 278 151 176 101 101 120 120 154 156 101 107 136 146 144 151 154 160 144 144 172 172 109 119 35615 2 241 245 278 291 180 180 278 278 159 159 99 103 120 120 154 164 99 107 136 136 147 147 152 158 141 141 166 167 119 117 35616 2 233 241 -9 -9 -9 -9 278 268 159 165 101 103 120 133 164 164 -9 -9 136 139 151 151 150 160 141 141 167 167 109 119 35618 2 233 243 284 286 180 180 275 278 153 163 103 103 120 120 166 166 105 107 -9 -9 -9 -9 -9 -9 150 141 167 172 109 109 35621 2 220 235 284 276 180 176 278 278 163 151 101 101 120 120 166 166 96 99 -9 -9 -9 -9 -9 -9 141 141 166 172 119 117 35622 2 235 243 297 286 180 182 278 278 161 163 101 101 133 128 166 166 101 103 -9 -9 -9 -9 -9 -9 148 141 172 172 109 119



35221 2 233 233 284 286 180 180 278 278 153 176 101 103 120 120 154 164 99 101 -9 -9 147 151 154 160 150 141 164 172 109 117 35222 2 220 233 272 286 180 180 278 270 163 151 101 101 133 122 154 164 99 101 136 139 147 154 152 158 148 141 172 172 109 119 35223 2 231 233 284 272 180 182 278 278 163 163 101 101 120 120 164 169 101 101 136 136 149 151 152 158 148 141 172 172 109 119 35224 2 241 243 287 276 180 180 275 278 153 168 101 103 120 133 154 166 101 105 136 139 154 156 150 152 144 141 167 167 119 119 35225 2 243 245 282 288 180 180 278 278 168 176 99 101 120 133 164 164 99 99 146 146 151 151 154 158 150 141 172 172 109 117 35226 2 233 241 291 276 180 180 278 280 153 166 101 103 133 137 166 166 99 101 136 136 151 154 150 158 141 141 164 167 119 119 35227 2 220 243 -9 -9 180 180 280 268 159 176 99 101 120 133 154 164 -9 -9 136 139 156 156 150 154 141 141 164 164 109 109 35228 2 231 233 276 282 180 180 278 280 153 165 101 101 120 133 154 166 101 103 136 139 151 151 154 158 141 141 172 172 109 109 35230 2 235 237 291 291 180 180 278 280 153 151 103 103 120 120 156 164 107 107 139 139 151 154 160 160 141 141 172 172 109 117 35231 2 233 245 287 292 180 180 280 282 161 170 101 101 120 124 164 169 99 101 136 136 142 151 160 160 141 141 166 167 109 119 35232 2 241 237 -9 -9 180 180 275 278 153 151 -9 -9 135 126 164 169 99 99 136 141 154 154 152 160 154 141 167 172 119 119 35233 2 243 243 284 297 182 176 278 280 151 151 101 103 120 133 164 164 99 107 135 146 154 154 160 166 144 148 166 167 109 119 35571 2 233 235 292 282 180 180 -9 -9 -9 -9 101 101 120 131 166 166 99 105 136 136 149 154 152 162 144 141 -9 -9 -9 -9 35572 2 241 241 297 282 180 180 -9 -9 -9 -9 101 101 122 118 166 166 99 101 136 144 142 151 154 156 141 141 -9 -9 -9 -9 35573 2 241 243 284 291 180 180 -9 -9 -9 -9 101 103 120 120 -9 -9 101 107 146 146 142 154 154 160 144 141 -9 -9 -9 -9 35574 2 233 243 284 276 180 180 278 278 -9 -9 101 103 131 133 -9 -9 99 99 136 136 147 154 154 160 144 141 167 167 -9 -9 35575 2 220 235 276 286 180 176 -9 -9 -9 -9 101 101 133 118 -9 -9 99 99 136 139 144 144 160 160 141 141 167 172 -9 -9 35576 2 233 235 290 276 180 180 278 270 -9 -9 101 101 120 133 171 171 99 99 136 136 151 154 150 160 141 141 167 167 -9 -9 35583 2 220 235 272 276 180 180 272 278 166 166 101 101 120 124 166 166 107 103 136 136 142 151 152 156 154 141 -9 -9 -9 -9 35584 2 235 241 276 282 180 182 278 266 163 151 99 101 131 133 166 166 96 103 136 139 151 154 152 154 141 141 -9 -9 109 109 35585 2 245 245 278 297 180 176 278 280 166 166 101 101 120 120 166 166 99 107 136 139 142 151 154 154 148 141 164 172 109 119 35586 2 233 245 297 282 180 180 278 278 166 176 101 103 120 120 156 156 99 99 136 136 144 151 160 160 141 141 167 167 109 119 35587 2 233 235 276 282 180 180 280 268 166 170 101 101 120 133 154 169 99 99 136 136 151 154 160 160 141 141 172 172 119 119 35588 2 220 220 276 282 180 180 280 280 153 176 101 101 120 133 154 164 -9 -9 136 139 142 151 158 160 148 141 172 172 109 117 35589 2 233 235 297 297 180 180 280 280 166 166 101 103 120 131 166 166 99 107 136 136 142 154 154 158 141 141 172 172 119 119 35590 2 241 245 284 288 180 176 278 280 159 168 101 103 131 131 166 166 99 101 139 139 149 151 152 158 139 141 167 167 109 109 35591 2 233 235 297 282 180 176 278 278 153 166 101 101 120 133 154 166 99 99 139 146 147 156 160 160 141 141 -9 -9 119 117 35592 2 -9 -9 276 282 180 176 280 280 166 166 101 101 -9 -9 166 166 99 99 136 136 151 154 156 160 -9 -9 -9 -9 -9 -9 35593 2 220 241 287 276 180 180 278 280 153 165 103 103 120 120 166 166 99 107 136 146 149 151 150 158 141 141 -9 -9 -9 -9 35596 2 235 245 -9 -9 -9 -9 278 280 -9 -9 101 101 120 122 164 164 -9 -9 136 139 144 154 150 158 148 148 -9 -9 109 119 35597 2 243 245 -9 -9 -9 -9 278 268 -9 -9 101 101 120 128 166 166 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 141 141 167 167 119 119 35599 2 241 243 -9 -9 -9 -9 278 278 161 163 101 101 120 133 164 166 -9 -9 136 150 149 149 150 160 144 141 172 172 117 117 35600 2 241 243 -9 -9 -9 -9 278 282 159 165 101 101 120 120 166 166 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 144 139 -9 -9 119 119 35601 2 235 241 -9 -9 -9 -9 278 278 163 151 101 103 120 131 156 166 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 141 141 167 172 119 119 35602 2 -9 -9 -9 -9 -9 -9 273 278 159 176 101 101 -9 -9 154 156 -9 -9 136 139 144 154 152 152 -9 -9 -9 -9 119 119 35605 1 235 243 278 286 180 180 280 280 151 176 101 103 120 133 156 166 99 99 136 136 -9 -9 158 160 148 141 -9 -9 -9 -9 35606 1 233 233 291 297 180 180 278 280 153 176 101 101 120 133 154 154 99 99 136 146 151 151 158 160 141 141 172 172 119 117 35607 1 233 241 297 286 180 176 278 280 161 176 101 103 120 120 154 154 99 105 139 139 151 154 158 158 144 141 164 164 109 117 35608 1 243 245 286 286 180 180 278 280 182 176 101 101 120 131 154 166 99 99 139 146 151 154 158 160 144 148 166 167 109 109 35609 1 233 245 291 282 180 180 278 278 166 176 101 101 120 133 154 164 101 107 136 139 154 154 158 160 144 141 172 172 109 117 35610 1 233 243 287 297 180 180 278 280 153 166 103 103 133 139 154 154 99 107 136 136 147 151 160 160 141 141 164 172 109 119 35611 1 233 243 278 302 180 180 278 280 153 176 101 103 131 133 154 154 99 99 136 146 151 154 158 160 148 141 172 172 119 119 35612 1 233 235 291 272 180 180 278 280 163 166 101 103 120 120 154 154 99 99 136 136 151 154 158 160 141 141 172 172 109 121 35613 2 235 243 297 289 176 176 278 278 163 165 101 101 120 133 166 166 96 105 136 146 144 151 154 160 144 141 167 167 109 117 35614 2 233 245 284 282 180 180 275 278 151 176 101 101 120 120 154 156 101 107 136 146 144 151 154 160 144 144 172 172 109 119 35615 2 241 245 278 291 180 180 278 278 159 159 99 103 120 120 154 164 99 107 136 136 147 147 152 158 141 141 166 167 119 117 35616 2 233 241 -9 -9 -9 -9 278 268 159 165 101 103 120 133 164 164 -9 -9 136 139 151 151 150 160 141 141 167 167 109 119 35618 2 233 243 284 286 180 180 275 278 153 163 103 103 120 120 166 166 105 107 -9 -9 -9 -9 -9 -9 150 141 167 172 109 109 35621 2 220 235 284 276 180 176 278 278 163 151 101 101 120 120 166 166 96 99 -9 -9 -9 -9 -9 -9 141 141 166 172 119 117 35622 2 235 243 297 286 180 182 278 278 161 163 101 101 133 128 166 166 101 103 -9 -9 -9 -9 -9 -9 148 141 172 172 109 119



 obj1 <- read.structure(file='project_data.stru', missing=NA )

 How many genotypes are there? 50

 How many markers are there? 15

 Which column contains labels for genotypes ('0' if absent)? 1

 Which column contains the population factor ('0' if absent)? 2

 Which other optional columns should be read (press 'return' when done)? 1: 

 Which row contains the marker names ('0' if absent)? 1

 Converting data from a STRUCTURE .stru file to a genind object... 

Erreur dans txt[(lastline - n + 1):lastline] : 
  les indices négatifs ne peuvent être mélangés qu'à des 0