Glad you asked. The canonical URL for this is perhaps altmetrics.org. Basically it is a metric that measures something about an article. This is in stark contrast to journal level metrics, like the Journal Impact Factor.
Yes indeedy.
You aren't currently not required to use an API key to access the PLoS ALM API, but soon will need to.
Get your PLoS API key here
Put your API key in your .Rprofile file using exactly this: options(PlosApiKey = “YOUalmAPIKEY”), and the functions within this package will be able to use your API key without you having to enter it every time you run a search.
You can get this package by installing via install_github() within Hadley Wickham's devtools package.
install.packages("devtools")
require(devtools)
install_github("alm", "rOpenSci")
library(alm)
(We'll not print a few columns so the table prints nicely)
alm(doi = "10.1371/journal.pone.0029797")[, -c(6:8)]
.id pdf html shares groups total
1 citeulike NA NA 1 NA 1
2 crossref NA NA NA NA 7
3 nature NA NA NA NA 4
4 pubmed NA NA NA NA 2
5 scopus NA NA NA NA 7
6 counter 2409 29017 NA NA 31537
7 researchblogging NA NA NA NA 1
8 pmc 64 416 NA NA 480
9 facebook NA NA 0 NA 0
10 mendeley NA NA 69 0 69
11 twitter NA NA NA NA 12
12 wikipedia NA NA NA NA 50
13 scienceseeker NA NA NA NA 0
14 relativemetric NA NA NA NA 150729
15 f1000 NA NA NA NA 0
16 figshare 0 9 NA NA 9
17 pmceurope NA NA NA NA 4
18 pmceuropedata NA NA NA NA 49
19 openedition NA NA NA NA 0
20 wordpress NA NA NA NA 0
21 reddit NA NA NA NA 0
22 datacite NA NA NA NA 0
23 copernicus NA NA NA NA 0
24 articlecoverage NA NA NA NA 0
25 articlecoveragecurated NA NA NA NA 0
26 plos_comments NA NA NA NA 16
27 twitter_search NA NA NA NA 0
out <- alm(doi = "10.1371/journal.pone.0029797", info = "detail")
## totals
out[["totals"]][, -c(6:8)]
.id pdf html shares groups total
1 citeulike NA NA 1 NA 1
2 crossref NA NA NA NA 7
3 nature NA NA NA NA 4
4 pubmed NA NA NA NA 2
5 scopus NA NA NA NA 7
6 counter 2409 29017 NA NA 31537
7 researchblogging NA NA NA NA 1
8 pmc 64 416 NA NA 480
9 facebook NA NA 0 NA 0
10 mendeley NA NA 69 0 69
11 twitter NA NA NA NA 12
12 wikipedia NA NA NA NA 50
13 scienceseeker NA NA NA NA 0
14 relativemetric NA NA NA NA 150729
15 f1000 NA NA NA NA 0
16 figshare 0 9 NA NA 9
17 pmceurope NA NA NA NA 4
18 pmceuropedata NA NA NA NA 49
19 openedition NA NA NA NA 0
20 wordpress NA NA NA NA 0
21 reddit NA NA NA NA 0
22 datacite NA NA NA NA 0
23 copernicus NA NA NA NA 0
24 articlecoverage NA NA NA NA 0
25 articlecoveragecurated NA NA NA NA 0
26 plos_comments NA NA NA NA 16
27 twitter_search NA NA NA NA 0
## history
head(out[["history"]])
.id dates totals
1 citeulike 2014-03-04 1
2 citeulike 2014-01-27 1
3 crossref 2014-03-05 7
4 crossref 2014-01-26 7
5 nature 2014-01-30 4
6 pubmed 2014-03-04 2
# A single PubMed ID (pmid)
alm(pmid = 22590526)[, -c(6:8)]
.id pdf html shares groups total
1 citeulike NA NA 5 NA 5
2 crossref NA NA NA NA 3
3 nature NA NA NA NA 1
4 pubmed NA NA NA NA 5
5 scopus NA NA NA NA 7
6 counter 1052 15026 NA NA 16120
7 researchblogging NA NA NA NA 1
8 pmc 31 119 NA NA 150
9 facebook NA NA 66 NA 171
10 mendeley NA NA 63 0 63
11 twitter NA NA NA NA 151
12 wikipedia NA NA NA NA 0
13 scienceseeker NA NA NA NA 0
14 relativemetric NA NA NA NA 33527
15 f1000 NA NA NA NA 0
16 figshare NA NA NA NA 0
17 pmceurope NA NA NA NA 5
18 pmceuropedata NA NA NA NA 0
19 openedition NA NA NA NA 0
20 wordpress NA NA NA NA 1
21 reddit NA NA NA NA 0
22 datacite NA NA NA NA 0
23 copernicus NA NA NA NA 0
24 articlecoverage NA NA NA NA 0
25 articlecoveragecurated NA NA NA NA 0
26 plos_comments NA NA NA NA 3
27 twitter_search NA NA NA NA 0
# A single PubMed Central ID (pmcid)
alm(pmcid = 212692)[, -c(6:8)]
.id pdf html shares groups total
1 citeulike NA NA 8 NA 8
2 crossref NA NA NA NA 152
3 nature NA NA NA NA 0
4 pubmed NA NA NA NA 156
5 scopus NA NA NA NA 326
6 counter 2554 20447 NA NA 23155
7 researchblogging NA NA NA NA 0
8 pmc 2331 4898 NA NA 7229
9 facebook NA NA 0 NA 0
10 mendeley NA NA 104 0 104
11 twitter NA NA NA NA 0
12 wikipedia NA NA NA NA 0
13 scienceseeker NA NA NA NA 0
14 relativemetric NA NA NA NA 1346375
15 f1000 NA NA NA NA 0
16 figshare 1 6 NA NA 7
17 pmceurope NA NA NA NA 192
18 pmceuropedata NA NA NA NA 52
19 openedition NA NA NA NA 0
20 wordpress NA NA NA NA 0
21 reddit NA NA NA NA 0
22 datacite NA NA NA NA 0
23 copernicus NA NA NA NA 0
24 articlecoverage NA NA NA NA 0
25 articlecoveragecurated NA NA NA NA 0
26 plos_comments NA NA NA NA 0
27 twitter_search NA NA NA NA 0
# A single Mendeley UUID (mdid)
alm(mdid = "35791700-6d00-11df-a2b2-0026b95e3eb7")[, -c(6:8)]
NULL
dois <- c("10.1371/journal.pone.0001543", "10.1371/journal.pone.0040117", "10.1371/journal.pone.0029797",
"10.1371/journal.pone.0039395")
out <- alm(doi = dois)
lapply(out, head)
[[1]]
.id pdf html shares groups comments likes citations total
1 citeulike NA NA 0 NA NA NA NA 0
2 crossref NA NA NA NA NA NA 3 3
3 nature NA NA NA NA NA NA 0 0
4 pubmed NA NA NA NA NA NA 2 2
5 scopus NA NA NA NA NA NA 5 5
6 counter 310 1504 NA NA NA NA NA 1830
[[2]]
.id pdf html shares groups comments likes citations total
1 citeulike NA NA 0 NA NA NA NA 0
2 crossref NA NA NA NA NA NA 0 0
3 nature NA NA NA NA NA NA 0 0
4 pubmed NA NA NA NA NA NA 1 1
5 scopus NA NA NA NA NA NA 3 3
6 counter 208 1040 NA NA NA NA NA 1271
[[3]]
.id pdf html shares groups comments likes citations total
1 citeulike NA NA 1 NA NA NA NA 1
2 crossref NA NA NA NA NA NA 7 7
3 nature NA NA NA NA NA NA 4 4
4 pubmed NA NA NA NA NA NA 2 2
5 scopus NA NA NA NA NA NA 7 7
6 counter 2409 29017 NA NA NA NA NA 31537
[[4]]
.id pdf html shares groups comments likes citations total
1 citeulike NA NA 0 NA NA NA NA 0
2 crossref NA NA NA NA NA NA 7 7
3 nature NA NA NA NA NA NA 0 0
4 pubmed NA NA NA NA NA NA 7 7
5 scopus NA NA NA NA NA NA 11 11
6 counter 429 2605 NA NA NA NA NA 3077
You can also get metrics by day (sum_metrics='day') or month (sum_metrics='month')
alm(doi = "10.1371/journal.pone.0036240", sum_metrics = "year")[, -c(6:8)]
.id year pdf html shares citations total x
1 citeulike 2012 NA NA 5 NA 5 NA
2 crossref 2013 NA NA NA 3 3 NA
3 nature NA NA NA NA NA NA NA
4 pubmed NA NA NA NA NA NA NA
5 scopus NA NA NA NA NA NA NA
6 counter 2012 699 10502 NA NA 11234 NA
7 counter 2013 299 3605 NA NA 3911 NA
8 counter 2014 54 919 NA NA 975 NA
9 researchblogging 2013 NA NA NA 1 1 NA
10 pmc 2012 16 53 NA NA 69 NA
11 pmc 2013 13 66 NA NA 79 NA
12 pmc 2014 2 0 NA NA 2 NA
13 facebook NA NA NA NA NA NA NA
14 mendeley NA NA NA NA NA NA NA
15 twitter 2012 NA NA NA NA 103 NA
16 twitter 2013 NA NA NA NA 33 NA
17 twitter 2014 NA NA NA NA 15 NA
18 wikipedia NA NA NA NA NA NA NA
19 scienceseeker NA NA NA NA NA NA NA
20 relativemetric NA NA NA NA NA NA NA
21 f1000 NA NA NA NA NA NA NA
22 figshare NA NA NA NA NA NA NA
23 pmceurope NA NA NA NA NA NA NA
24 pmceuropedata NA NA NA NA NA NA NA
25 openedition NA NA NA NA NA NA NA
26 wordpress 2012 NA NA NA 1 1 NA
27 reddit NA NA NA NA NA NA NA
28 datacite NA NA NA NA NA NA NA
29 copernicus NA NA NA NA NA NA NA
30 articlecoverage NA NA NA NA NA NA NA
31 articlecoveragecurated NA NA NA NA NA NA NA
32 plos_comments NA NA NA NA NA NA NA
33 twitter_search NA NA NA NA NA NA NA
alm(doi = "10.1371/journal.pone.0035869", total_details = TRUE)[, 3:10]
publication_date citeulike_pdf citeulike_html citeulike_shares
1 2012-05-11T07:00:00Z NA NA 25
citeulike_groups citeulike_comments citeulike_likes citeulike_citations
1 NA NA NA NA
almeventsout <- almevents(doi = "10.1371/journal.pone.0029797")
names(out) # names of sources
[1] "citeulike" "crossref"
[3] "nature" "pubmed"
[5] "scopus" "counter"
[7] "researchblogging" "pmc"
[9] "facebook" "mendeley"
[11] "twitter" "wikipedia"
[13] "scienceseeker" "relativemetric"
[15] "f1000" "figshare"
[17] "pmceurope" "pmceuropedata"
[19] "openedition" "wordpress"
[21] "reddit" "datacite"
[23] "copernicus" "articlecoverage"
[25] "articlecoveragecurated" "plos_comments"
[27] "twitter_search"
out <- out[!out %in% c("sorry, no events content yet", "parser not written yet")] # remove those with no data
out[["pmc"]] # get the results for PubMed Central
abstract cited-by figure full-text month pdf scanned-page-browse
1 1 0 9 51 1 8 0
2 0 0 11 15 2 4 0
3 0 0 0 11 3 4 0
4 1 0 0 6 4 2 0
5 0 0 0 5 5 1 0
6 0 0 2 7 6 2 0
7 1 0 3 6 7 3 0
8 1 0 0 5 8 0 0
9 0 0 3 14 9 5 0
10 1 0 1 20 10 4 0
11 0 0 1 13 12 1 0
12 0 0 0 13 1 7 0
13 1 0 0 22 3 2 0
14 0 0 0 13 2 2 0
15 1 1 3 45 4 4 0
16 1 0 0 10 11 1 0
17 0 0 0 18 5 5 0
18 0 0 0 12 6 1 0
19 0 0 0 27 7 1 0
20 0 0 0 21 8 0 0
21 0 0 0 14 9 0 0
22 0 0 2 14 10 3 0
23 6 0 0 18 11 2 0
24 0 0 0 14 12 1 0
25 0 0 0 22 1 1 0
scanned-summary supp-data unique-ip year
1 0 0 42 2012
2 0 2 11 2012
3 0 0 12 2012
4 0 0 6 2012
5 0 0 5 2012
6 0 0 9 2012
7 0 0 8 2012
8 0 0 4 2012
9 0 0 13 2012
10 0 0 16 2012
11 0 0 12 2012
12 0 0 14 2013
13 0 0 20 2013
14 0 0 10 2013
15 0 1 24 2013
16 0 0 9 2012
17 0 1 21 2013
18 0 1 11 2013
19 0 0 14 2013
20 0 0 13 2013
21 0 1 13 2013
22 0 0 15 2013
23 0 0 16 2013
24 0 0 9 2013
25 0 0 16 2014
out[["twitter"]][1:3, ] # get the results for twitter
id
1 237088032224849920
2 237088322290331648
3 263798980054487041
text
1 #PLOS: Ecological Guild Evolution and the Discovery of the World's Smallest Vertebrate http://t.co/yEGLyWTf
2 #PLOS: Ecological Guild Evolution and the Discovery of the World's Smallest Vertebrate http://t.co/497NRrMR
3 Happy #Halloween from Maria @PLOSONE, dressed as a tiny frog, complete with dime for scale! http://t.co/YWcdPoGP http://t.co/lAxWAHOG
created_at user user_name
1 Sun Aug 19 07:26:06 +0000 2012 opdebult Jan ten Hoopen
2 Sun Aug 19 07:27:15 +0000 2012 forestalis forestalis.org
3 Thu Nov 01 00:25:53 +0000 2012 multidiscipl1ne Lindsay Kelley
user_profile_image
1 http://a0.twimg.com/profile_images/1741153180/Tidan_normal.jpg
2 http://a0.twimg.com/profile_images/654250700/ForestalisIco_normal.jpg
3 http://a0.twimg.com/profile_images/1910116023/261235_920680811178_6708085_43508969_7138379_n_normal.jpg
almtotals(doi = "10.1371/journal.pbio.0000012")
views shares bookmarks citations
1 30384 0 112 326
almtitle(doi = "10.1371/journal.pbio.0000012")
[1] "Genome-Wide RNAi of C. elegans Using the Hypersensitive rrf-3 Strain Reveals Novel Gene Functions"
dat <- signposts(doi = "10.1371/journal.pone.0029797")
plot_signposts(input = dat)
Or plot many identifiers gives a line chart
dois <- c("10.1371/journal.pone.0001543", "10.1371/journal.pone.0040117", "10.1371/journal.pone.0029797",
"10.1371/journal.pone.0039395")
dat <- signposts(doi = dois)
plot_signposts(input = dat) + theme_grey(base_size = 12)
Or make an interactive chart by doing plot_signposts(input=dat, type="multiBarChart"). Try it out! It should open in your browser and you can interact with it.
Note: Do you the key below in the searchplos call in this example, but if you plan to use rplos more, get your own API key here.
library(rplos)
library(plyr)
dois <- searchplos(q = "science", fl = "id", fq = list("cross_published_journal_key:PLoSONE",
"doc_type:full", "publication_date:[2010-01-01T00:00:00Z TO 2010-12-31T23:59:59Z]"),
limit = 200)
Remove non-full article DOIs
dois <- dois$id
dois <- dois[!grepl("annotation", dois)]
Collect altmetrics data and combine to a data.frame with ldply
alm <- alm(doi = dois, total_details = TRUE)
alm <- ldply(alm)
The default plot
plot_density(alm)
You can change the color of the density plot
plot_density(alm, color = "#EFA5A5")
Pass in a title or description subtending the title
plot_density(alm, title = "Scopus citations from 2010")
Plot a particular source
names(alm)[1:35]
[1] ".id" "doi" "title"
[4] "publication_date" "citeulike_pdf" "citeulike_html"
[7] "citeulike_shares" "citeulike_groups" "citeulike_comments"
[10] "citeulike_likes" "citeulike_citations" "citeulike_total"
[13] "crossref_pdf" "crossref_html" "crossref_shares"
[16] "crossref_groups" "crossref_comments" "crossref_likes"
[19] "crossref_citations" "crossref_total" "nature_pdf"
[22] "nature_html" "nature_shares" "nature_groups"
[25] "nature_comments" "nature_likes" "nature_citations"
[28] "nature_total" "pubmed_pdf" "pubmed_html"
[31] "pubmed_shares" "pubmed_groups" "pubmed_comments"
[34] "pubmed_likes" "pubmed_citations"
plot_density(input = alm, source = "crossref_citations")
Plot many sources in different panels in the same plot, and pass in colors just for fun
plot_density(input = alm, source = c("counter_total", "crossref_citations",
"twitter_total", "wos_citations"), color = c("#83DFB4", "#EFA5A5", "#CFD470",
"#B2C9E4")) + theme_grey(base_size = 12)
NULL
Remember to get your api key from CrossRef, pass it in in the key parameter. Notice that we are passing the base url for the Crossref API, whereas the default is for the PLOS url http://alm.plos.org/api/v3/articles.
url <- "http://alm.labs.crossref.org/api/v3/articles"
dois <- c("10.1371/journal.pone.0086859", "10.1038/nature12990", "10.5860/choice.51-3037")
alm(doi = dois, url = url, key = getOption("crossrefalmkey"))
[[1]]
.id pdf html shares groups comments likes citations total
1 crossref NA NA NA NA NA NA 0 0
2 mendeley NA NA NA TRUE NA NA NA 0
3 facebook NA NA 0 NA 0 0 NA 0
4 researchblogging NA NA NA NA NA NA 0 0
5 pmc NA NA NA NA NA NA 0 0
6 copernicus NA NA NA NA NA NA NA 0
7 twitter_search NA NA NA NA NA NA 0 0
8 citeulike NA NA 0 NA NA NA NA 0
9 pubmed NA NA NA NA NA NA 0 0
10 wordpress NA NA NA NA NA NA 0 0
11 reddit NA NA NA NA NA NA 0 0
12 wikipedia NA NA NA NA NA NA 3 3
13 doi_resolution NA NA NA NA NA NA 0 0
14 datacite NA NA NA NA NA NA 0 0
15 pmceurope NA NA NA NA NA NA 0 0
16 pmceuropedata NA NA NA NA NA NA 0 0
17 scienceseeker NA NA NA NA NA NA 0 0
18 nature NA NA NA NA NA NA 0 0
19 openedition NA NA NA NA NA NA 0 0
[[2]]
.id pdf html shares groups comments likes citations total
1 openedition NA NA NA NA NA NA 0 0
2 nature NA NA NA NA NA NA 0 0
3 scienceseeker NA NA NA NA NA NA 0 0
4 pmceuropedata NA NA NA NA NA NA 0 0
5 pmceurope NA NA NA NA NA NA 9 9
6 datacite NA NA NA NA NA NA 0 0
7 doi_resolution NA NA NA NA NA NA 0 0
8 wikipedia NA NA NA NA NA NA 0 0
9 reddit NA NA NA NA NA NA 0 0
10 crossref NA NA NA NA NA NA 0 0
11 wordpress NA NA NA NA NA NA 0 0
12 pubmed NA NA NA NA NA NA 13 13
13 citeulike NA NA 0 NA NA NA NA 0
14 twitter_search NA NA NA NA NA NA 0 0
15 copernicus NA NA NA NA NA NA NA 0
16 pmc NA NA NA NA NA NA 0 0
17 researchblogging NA NA NA NA NA NA 0 0
18 facebook NA NA 0 NA 0 0 NA 0
19 mendeley NA NA NA TRUE NA NA NA 0
[[3]]
.id pdf html shares groups comments likes citations total
1 wordpress NA NA NA NA NA NA 0 0
2 crossref NA NA NA NA NA NA 0 0
3 mendeley NA NA NA TRUE NA NA NA 0
4 facebook NA NA 0 NA 0 0 NA 0
5 researchblogging NA NA NA NA NA NA 0 0
6 pmc NA NA NA NA NA NA 0 0
7 copernicus NA NA NA NA NA NA NA 0
8 twitter_search NA NA NA NA NA NA 0 0
9 citeulike NA NA 0 NA NA NA NA 0
10 pubmed NA NA NA NA NA NA 0 0
11 reddit NA NA NA NA NA NA 0 0
12 wikipedia NA NA NA NA NA NA 2 2
13 doi_resolution NA NA NA NA NA NA 0 0
14 datacite NA NA NA NA NA NA 0 0
15 pmceurope NA NA NA NA NA NA 0 0
16 pmceuropedata NA NA NA NA NA NA 0 0
17 scienceseeker NA NA NA NA NA NA 0 0
18 nature NA NA NA NA NA NA 0 0
19 openedition NA NA NA NA NA NA 0 0